За последние девять лет экономическое содержание межбюджетных отношений претерпело значительные изменение и развитие. Прежде всего, следует выделить проблему понимания экономического содержания межбюджетных отношений а узком и широком смысле этого слова. Понимание межбюджетных отношений как движения определенных размеров денежных средств по вертикали и горизонтали бюджетной системы означает их понимание в узком смысле этого слова. Такая характеристика межбюджетных отношений в основном совпадает с экономическим механизмом бюджетного регулирования и на практике осуществлялась в 1991-1993 годах. В этот период резко возрастает доля региональных и местных бюджетов в доходах консолидированного бюджета, наблюдается формирование межбюджетных отношений в виде перечисления плановых бюджетных дотаций, определяющихся в абсолютных цифрах. Этот этап формирования межбюджетных отношений сочетается с возникновением «особых» бюджетных статусов ряда муниципальных образований, воздействия на межбюджетные отношения политических факторов и индивидуальных согласований.

Начало 1994 года означает следующий этап реформирования межбюджетных отношений, в течении которого основное содержание реформ осуществляется по следующим направлениям: расширение налоговых прав региональных и местных властей; определение единых и стабильных нормативов отчислений от федеральных налогов в местные бюджеты; формирование внутрирегиональных межбюджетных отношений. Этот период характерен реформами межбюджетных отношений, которые в определенной степени соответствовали тенденции формирования бюджетного федерализма. В целом оценка этого периода, показывает, что экономическое содержание межбюджетных отношений получает дальнейшее развитие. Прежде всего, речь идет о тенденции регулирования через бюджетные отношения территориальных пропорций воспроизводства. Точнее, межбюджетные отношения становятся инструментом устранения межтерриториальных диспропорций. Данная характеристика экономического содержания межбюджетных отношений дополняется и другой. Они все более реально выступают одним из важных инструментов государственного регулирования экономики как прямым, так и косвенным методом.

Наконец, межбюджетные отношения все в большей степени с точки зрения своего экономического содержания начинают выполнять функции выполнения социальных гарантий.

С 1997 года начинается новый этап реформирования межбюджетных отношений. Необходимость этого этапа обусловлена как внутренними, так и внешними бюджетными факторами (расширение сферы межбюджетных отношений и их внутренняя неупорядоченность).