Одной из главных целей межбюджетных отношений, является выравнивание до минимально необходимого уровня бюджетной обеспеченности и социально-экономического развития муниципальных образований. Этот процесс имеет и отрицательную специфику. Предположим, что доходы бюджета города Хабаровска составляют 1407 млн. руб., а города Комсомольска 800 млн. руб. и количество населения одинаково. Для того чтобы достичь равенства в бюджетных доходах региональная власть должна перераспределить путем изъятия средств у города Хабаровска и передачи городу Комсомольску. Этот процесс перераспределения, после ряда повторений в конечном итоге уменьшит стремление администраций того и другого города заботится о состоянии экономики и наполнения своих бюджетов. Крайняя ситуация будет выглядеть таким образом: правительство обложит доход всех бюджетов 100% налогом и распределит его поровну.

Как правило, структура расходов бюджетов, на первый взгляд, является конкретной и сбалансированной. Вместе с тем исполнение бюджетов показывает следующие основные тенденции в реализации их расходных полномочий. Во-первых, недостаточность бюджетных доходов по сравнению с запланированными расходами. Во-вторых, изменение структуры расходов отдельных бюджетов других уровней (например, дополнительные расходы муниципальных образований, с принятием законодательных актов об индексации заработной платы). В-третьих, наиболее низким уровнем обеспечения характеризуются бюджетные расходы, относящиеся к совместно финансируемым из федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и бюджетов муниципальных образований.

Эти расходы, находящиеся в совместном ведении федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и бюджетов муниципальных образований характерны тем, что они направляются, как на обеспечение общих условий экономической деятельности, так и на решение проблем социальной защиты конкретного человека.

Последствия низкого уровня бюджетного обеспечения совместно финансируемых расходов могут быть глобальными. Несогласованность действий федеральных органов власти и органов государственной власти субъектов Федерации и муниципальных образований по распределению расходных полномочий привела к катастрофическим последствиям от пожаров в Хабаровском крае в 1998 г., приводит к формированию необратимых негативных социально-экономических последствий от ухудшения состояния реки Амур.

Анализ системы межбюджетных отношений показывает, что, несмотря не ее динамическое развитие, в механизме их функционирования имеются следующие недостатки

Во-первых, объем трансфертов составляет лишь небольшую часть в межбюджетных отношениях, не оптимизированы размеры отчислений от федеральных и региональных налогов в местные бюджеты, которые составляют основные финансовые потоки.

Во-вторых, делается упор на дотационные формы регулирования межбюджетных отношений. Несовершенна законодательная база межбюджетных отношений. Нет взаимосвязи процесса определения трансфертов с проводимыми реформами, не сформулированы требования к межбюджетным отношениям в ходе проведения бюджетных реформ.

В-третьих, отсутствует механизм применения социальных стандартов и нормативов при расчете ФФПМО.

В-четвертых, происходит принятие решений вышестоящими органами власти без определения источников финансирования. Отсутствуют стимулы для увеличения собственной доходной базы.

В-пятых, продолжает ослабевать собственная доходная база по вертикали бюджетной системы. Это приводит к увеличению размеров встречных финансовых потоков, а также расширению сферы межбюджетных отношений за счет увеличения регулирующих налогов.