Крымская война, тяжелое хозяйственное положение, расстройство финансов, потребности капиталистического развития обусловили ряд финансовых реформ.

В 1860 году был учрежден Государственный банк, в 1862 году единым распорядителем доходов и расходов стал министр финансов. В 1864 году подчиненный Министерству финансов Департамент внешней торговли был преобразован в Департамент таможенных сборов.

Таможенный устав 1904 года установил новую структуру таможенных органов.

Теперь таможенная система России состояла из Департамента таможенных сборов, окружных и участковых таможенных управлений, таможен, застав, постов и пунктов. Каждая таможня и таможенная застава находилась под гласным контролем управляющего и состояла из таможенных и канцелярских чиновников, а также из вольнонаемных досмотрщиков и служителей.