ГНИВЦ осуществляет подготовку предложений по развитию программно-технической базы ЕАИС и технических средств таможенного контроля; разрабатывает, внедряет и организует функционирование ЕАИС, обеспечивая качество, достоверность и соблюдение сроков обработки и представления информации, производит сбор и автоматизированную обработку исходной информации в интересах ведения таможенной статистики внешней торговли специальной таможенной статистики; обеспечивает надежную работу средств вычислительной техники и аппаратуры передачи данных для центрального аппарата ГТК; осуществляет внедрение и машинное ведение классификации и кодирования товаров, таможенного тарифа, общероссийских и отраслевых классификаторов, подготовку и направление таможенным органам методических материалов, справочников, классификаторов, других документов. Кроме того, ГНИВЦ участвует в пределах своей компетенции в контроле за кодом проектирования, строительства и реконструкции помещений таможенных органов, предназначенных под установку технических средств ЕАИС и технических средств таможенного контроля. Совместно с учебными заведениями ГТК проводят обучение специалистов таможенных органов работе на сданных в опытную и промышленную эксплуатацию автоматизированных рабочих местах и компонентах ЕАИС, на средствах вычислительной техники и аппаратуре передачи данных, обеспечивает инструктаж по эксплуатации разработанных средств таможенного контроля.

ГНИВЦ обладает правами юридического лица, имеет самостоятельный баланс, расчетный счет, гербовую печать со своим наименованием.

Находясь в непосредственном подчинении ГТК, ГНИВЦ обладает значительной хозяйственной самостоятельности: не отвечают по обязательствам ГТК )как и ГТК по обязательствам ГНИВЦ); действует по основе самофинансирования. Имущество ГНИВЦ является государственной собственностью и закрепляется за ним на правах полного хозяйственного ведения ГНИВЦ имеет право создавать собственные структурные подразделения (отделы, отделения, филиалы) с правом открытия текущих и расчетных счетов, входить в объединения и ассоциации. В ГНИВЦ применяется конкретная система найма и оплата труда сотрудников.

ГНИВЦ возглавляет директор, назначаемый ГТК и утверждаемый его коллегией. При назначении директора ГНИВЦ с ним заключается контракт, в котором определяются права, обязанности и ответственность директора ГНИВЦ перед ГТК и трудовым коллективом.

Директору ГНИВЦ предоставляется право разрабатывать, утверждать и изменять структуру и штатное расписание подразделения ГНИВЦ, принимать на работу и увольнять сотрудников; без доверенности распоряжаться имуществом и денежными средствами ГНИВЦ, представлять интересы ГНИВЦ в государственных органах и общественных объединениях. Ликвидация и реорганизация ГНИВЦ проводятся на основании приказа ГТК.

ГТК России имеет также учебные заведения. В их числе Российская таможенная академия, которая была основана в 1996 году. Российская таможенная академия имеет ряд факультетов, специализирующихся на подготовке юристов, экономистов, а также специалистов в области таможенного контроля. Для повышения квалификации в академии имеется аспирантура.

Первоначальное обучение проходит в средних специальных учебных заведениях с выдачей диплома о специальном образовании с присвоением квалификации юрист-таможенник. Кроме того лица, получившие среднее специальное образование, могут быть направлены в Российскую таможенную академию.