Начиная с 1991 года реализовывалась программа формирования российской таможенной службы, создания, укрепления и развития сети таможенных органов на таможенной границе и таможенной территории России. И данная программа дала свои результаты. За короткий срок создана широкая, разветвленная сеть таможенных органов, охватывающая всю территорию страны, в том числе новые границы с государственными — бывшими союзными республиками СССР. В целом она отвечает потребностям осуществления таможенного дела в интересах экономики страны. Действующий состав таможенных органов имеет свою организационную структуру. Формализация ее в структуре ГТК России, типовых структурах регионального таможенного управления, таможни и таможенного поста является важнейшим фактором организационного обеспечения этих органов. Создана вертикаль организационно распорядительных отношений, обеспечивающая взаимосвязи и взаимодействие подразделений с аналогичными функциями на разных уровнях единой организационной и управленческой структуры. Такая структура создает упорядоченность и организованность системы таможенных органов при выполнении возложенных на них функций.

Рассмотрим современную организационную структуру таможенных органов.

ГТК России имеет дифференцированную и разветвленную структуру. Во главе его находится Председатель, имеющий ряд заместителей; образуется коллегия, а также консультативный совет по таможенной политике. Деятельность структурных подразделений ГТК строится по производственно-функциональному признаку. Это управления организации таможенного контроля; по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил; правовое; таможенно-тарифное; федеральных таможенных доходов; таможенной статистики и анализа; финансовое; материально-технического снабжения; техническое; кадров и учебных заведений; внешних сношений; отделы по связям со средствами массовой информации и общественностью; валютного контроля; служба охраны таможенных органов РФ и др.

Одним из основных подразделений в структуре ГТК является Управление организации таможенного контроля. Его задачи и функции определяются характером и содержанием таможенного контроля, которые сформированы в ТК и в других нормативных актах.

Таможенный контроля осуществляют должностные лица таможенных органов путем проверки таможенных документов, досмотра товаров и транспортных средств, личного досмотра. Последний является исключительной формой таможенного контроля.

Управление не только непосредственно организует проведение таможенно-контрольной деятельности на территории РФ, но и осуществляет методическое руководство его в пределах своей компетенции.

Оно планирует деятельность таможенных учреждений по осуществлению таможенного контроля, разрабатывает схемы технологического контроля, участвует в организации взаимодействия с погранслужбами, санитарно-карантинными, ветеринарными и другими государственными органами при осуществлении контроля за перемещением через границу товаров, личной клади и багажа физических лиц, транспортных средств, грузов и иного имущества.

Данное управление руководит таможенным контролем за автотранспортными средствами, воздушными, морскими и речными судами, железнодорожными перевозками и перевозимыми этими видами транспорта грузами, за перемещением через границу литературы, печатных. аудиовизуальных материалов и культурных ценностей. В этих целях управление разрабатывает рекомендации относительно сети зон таможенного контроля, перечня документов и сведений, необходимых для таможенного контроля, правил выборочности такого контроля и технологии его проведения. В состав управления входят следующие отделы: создания и развития таможенной инфраструктуры; организации таможенного контроля в неторговом обороте, контроля за грузами в торговом обороте. Руководство управления — начальник и его заместители. Одним из ведущих подразделений ГТК России является управление по борьбе с контрабандой и нарушениями таможенных правил. С расширением и усложнением правоохранительных задач таможенных органов, обусловленных в частности, принятием ГК, видоизменились и существенно дополнились конкретные направления деятельности указанного управления. Возложение на таможенные органы производства дознания по делам о контрабанде и о других преступлениях в сфере таможенного дела, а также проведение оперативно-розыскной деятельности, производство по делам о нарушениях таможенных правил и рассмотрение этих дел не только расширило диапазон деятельности таможенных органов в целом, но и потребовало серьезной перестройки работы рассматриваемого управления.

Непосредственное руководство управлением осуществляет начальник, который имеет своих заместителей. В состав управления входят отделы: организации борьбы с таможенными правонарушениями в торговом обороте; по борьбе с контрабандой наркотиков и организации кинологической службы; организации борьбы с таможенными правонарушениями в неторговом обороте; контроля за соблюдением законности в производстве по делам о нарушениях таможенных правил; организации дознания по делам о контрабанде.